في Reef Encount ، الهدف هو زراعة أكبر وأقوى الشعاب المرجانية على الشعاب المرجانية ثم إطعامها لسمكة الببغاء الخاصة بك في الوقت القصير المتاح. يتم منح النقاط في نهاية اللعبة مقابل عدد ونوع الأورام الحميدة التي استهلكتها سمكة الببغاء الخاصة بك.
كل دور يرقات مرجانية جديدة تنجرف إلى اللعبة. تسمح مكعبات اليرقة للاعبين بلعب بلاطات البوليب على الألواح وإنشاء شعاب مرجانية جديدة وأكبر. ثم يستعمر الروبيان هذه الشعاب المرجانية ويحميها من الهجوم.
يتكون المرجان من واحد أو أكثر من بلاطات البوليب المتصلة. قد تهاجم الشعاب المرجانية التي يكون حجمها اثنين أو أكثر من الأورام الحميدة أنواعًا أضعف من الشعاب المرجانية. يمكن إعادة تدوير الأورام الحميدة من الشعاب المرجانية المهزومة كأورام حميدة جديدة أو بدلاً من ذلك استخدامها للحصول على أسطوانات الطحالب أو مكعبات اليرقات.
إنها أسطوانات الطحالب ، التي ستقوي بعض أنواع الشعاب المرجانية بالنسبة للأنواع الأخرى. يمكن لأسطوانة الطحالب أيضًا إصلاح التسلسل الهرمي بين نوعين معينين من الشعاب المرجانية لبقية اللعبة.
عادةً ما ينتهي مواجهة الشعاب المرجانية بمجرد إنشاء التسلسل الهرمي لجميع الشعاب المرجانية أو بمجرد أن يستهلك ببغاء اللاعب أربع شعاب مرجانية.